宇宙紀元C.E.30年代,
基因工程的風潮發展到了最巔峰,
人類因此製造出新的對立架構。
在受精卵階段便接受基因調整而出生,
這些被稱為[調整者]的全新人類們,
對舊有的人類[自然人]而言成了一大威脅,
這些調整者們無論在智力.體力等各方面都凌駕於自然人。
雖然他們僅佔少數,
確有囊括學術.體育等所有領域頂尖地位之趨勢。
終於這種落差形成了對立,
寡不敵眾的調整者在地球各地都受到迫害。
被趕出了熟悉的土地,
宇宙變成了他們心中的淨土...
不多時,
成為調整者們根據地的[殖民地]開始扮演起重要的角色。
這個自C.E.50年代起啟用的境外領土,
擔負起為能源問題為苦的地球提供了取自豐富宇宙資源的能源,
和運用無重力環境製造出的工業產品的重要角色。
但其中的利潤不僅部分被在地球的宗主國獨占,
宗主國也禁止[殖民地]生產武器與糧食,
藉此鞏固自己的支配性。
這是無庸置疑的支配與榨取。
調整者們當然對此提出抗議,
同時也向地球方面要求獨立與對等貿易。
雙方對此雖協商多次,
卻每每宣告破局,
導致雙邊的緊張關係逐漸升高。
而後----
C.E.70年
因為[血腥情人節]的悲劇,
地球與殖民地之前的緊張情勢終於一口氣發展成真正的武力衝突。
沒有人會懷疑,
地球軍將以數量優勢獲勝。
然而戰局卻大幅違背最初的預測而陷入泥沼,
就這樣過了11個月之久....
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第_話 |
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第1話「虛偽的和平」Top
宇宙紀元７０年。為追求經濟圈的確立，札夫特軍(調整者)與地球聯合(自然人)的摩擦以「血腥情人節」的悲劇為契機，發展成武力衝突。擁有MS的扎夫特軍在各地都獲得壓倒性的勝利。浮在L5的中立國「歐普」的資源衛星「海利歐波里斯」。煌.大和是在該地的工業大專院校上學的學生。像往常一樣去聽講的他，在那裡遇上了扎夫特軍鋼彈奪取作戰行動的現場。海利歐波里斯因為工廠各地發生的爆炸及侵入殖民地的MS基恩而陷入混亂。奇襲行動成功致使聯合軍秘密製造的五架最初的MS”鋼彈”，有三架落入扎夫特的手中。煌在臨近的工廠中尋找避難場所，偶然目擊剩下的兩架鋼彈。在那裡他遇到了潛入的扎夫特軍人，過去的好友阿斯蘭．薩拉。兩人困惑不知如何是好。另一方面，工廠內的爆炸越來越大。地球軍的事官瑪琉．雷明斯的強拉煌一起進入攻擊鋼彈的駕駛艙。在紅蓮火炎中，鋼彈現在即將站起。
第2話「其名為鋼彈」Top
在熊熊燃燒的火舌中，煌與瑪琉進入攻擊鋼彈駕駛艙。雖然勉強逃離了爆炸的工廠，馬上又面臨等待的扎夫特的ＭＳ基恩！受傷且本就不是駕駛員的瑪琉，自然無法駕駛鋼彈。陷入遭受基恩攻擊的大危機時，煌挺身而出代為操縱。他以令人驚異的速度修正了鋼彈的ＯＳ。發揮攻擊鋼彈的潛能，以壓倒性的力量擊敗基恩。逃過一劫的煌與友人被瑪琉以知道軍方機密為由，遭到拘捕。雖然不平，但也只能服從。同一時間，穆察覺拉烏的行動，也趕往海利歐波里斯。在戰場相會的兩架一邊交戰一邊闖進殖民地裡面。另一方面，被關在遭爆破的礦山內的娜達爾，組織剩下的幾人一起啟動大天使號。此時海利歐波里斯開始有令人害怕的鳴動。其中，拉烏控制的ＭＳ席古與攻擊鋼彈展開了戰鬥。煌被身經百戰的拉烏玩弄在手掌心。即使有穆加入支援，形勢依然不辦。就在千鈞一髮的一刻，大天使號突破岩壁，現出其威容。
第3集「崩潰的大地」Top
拉烏的席古攻擊煌等人。此時大天使號在眾人面前現身了。亂鬥中，攻擊鋼彈瞄準拉烏射擊，竟然將殖民地誤擊出一個大洞。眾人都被那個威力嚇得目瞪口呆。拉烏見勢不妙，立刻脫離。煌等人上了大天使號。見到開動鋼彈的人竟然是個小孩，這事實震驚了在場士兵。穆看出了煌調整者的身份。 另一方面，返艦的拉烏感到鋼彈的性能是個崴脅，決定再度攻擊。阿斯蘭在未許可的情況下，擅自出擊，駕駛神盾鋼彈去找煌。被煌改寫ＯＳ的鋼彈除了煌，任何人都無法操縱。雖然煌拒絕操縱，但是面對敵人的逼近，煌並沒有任何選擇的餘地。再度展開的戰鬥，又重傷了殖民地。煌擊落了米蓋爾的基恩。與駕駛神盾鋼彈的阿斯蘭在戰場上又再度交手。兩位少年為彼此的敵對立場而困惑。另一方面，身邊的戰鬥也更加火熱化。受到致命性傷害的海利歐波里斯，開始崩潰。
第4話「靜音潛航」Top
煌從崩潰的海利歐波里斯的宙域帶著逃生艇一起返回大天使號。芙蕾也在那艘船上。大天使號採取前往友軍軍事衛星阿爾緹蜜斯的航路。拉烏在一度跟丟大天使號之後，又推算出大天使號的行動，採取了切斷進路與退路的作戰計劃。歸艦後，煌與托爾一起待在難民居住區。對於提出的維護鋼彈的要求，煌反彈地表示自己並不是駕駛員。另一方面，被拉烏質問上次擅自出動原因的阿斯蘭，表明了自己想勸服友人煌的意向，表發誓萬不得已時，會親自殺死好友。事態如拉烏所預料的，大天使號遭到前後夾擊。戰鬥配置的警報聲響起，托爾等人顧及煌的負擔，自願加入幫忙艦橋的工作。獨自煩惱的煌被穆的話與朋友的行動打動，決定再次駕駛鋼彈。引擎起動的同時，大天使號的特裝砲發射了。彷彿以此為信號，敵艦也放出了ＭＳ隊。煌在彈射器的位置上大喊“煌大和！鋼彈出動！”
第5話「相轉移裝甲失效」Top
攻擊鋼彈面臨被奪走的四架鋼彈。煌與阿斯蘭在戰場上再度遭遇。決鬥鋼彈插入兩人之間，暴風鋼彈、電擊鋼彈也過來會合，戰況極度混亂。另一方面，先行出擊的穆突襲符澤琉斯號，嚴重受損的符澤琉斯號因而被迫脫離。向阿爾緹蜜斯的傘進攻的伊薩克、迪安卡無視撤退命令繼續攻擊煌。由於不適應戰鬥，消耗了大量能源的攻擊鋼彈的相轉移裝甲都自動失效，陷入大危機。此時，MA形態的神盾鋼彈帶走了煌。 互相衝突的想法，以及決別。在穆的支援下，煌換上重砲型攻擊裝備，勉強擊退伊薩克等人。
第6話「消失的鋼彈」Top
勉強擺脫札夫特追擊，大天使號逃進了阿爾緹蜜斯軍事要塞。但是在那裡等著的，是友軍士兵對向自己的槍口。 大天使號的船員們遭到要塞司令官加路西亞軟禁。雖然同屬地球聯合軍，瑪琉等人屬於大西洋聯邦，可是阿爾緹蜜斯是屬於歐亞聯邦的要塞。並非完全相同。加路西亞企圖以大天使號和鋼彈為禮物，藉此榮升回地球。加路西亞以友人為盾牌，要求煌解除鋼彈被上的鎖。同一時候，在遠方的伽莫夫號正對阿爾緹蜜斯展開討論。阿爾蜜斯一向以全方位光波防禦帶這個特殊的防禦武器來擊退攻擊的敵人。然而，電擊鋼彈的幻象化粒子，卻突破了這個防禦武器。受到突然攻擊的阿爾提蜜斯，裡面的士兵因對光波防禦帶有絕大自信而紀律鬆弛，根本無法應付意料外的事態。煌趁機逃脫進入打擊鋼彈，迎擊攻來的電擊鋼彈。然而外面還有決鬥鋼彈與暴風鋼彈在攻擊阿爾緹蜜斯。與電擊鋼彈的戰鬥導致要塞破損進水，煌與逃脫的大天使號一起離開了這個開始崩潰的無敵要塞。
第7話「宇宙的傷痕」Top
利用扎夫特的攻擊，大天使號脫離了阿爾緹蜜斯要塞。但是艦內物資不足的情況也變得更加嚴峻。在不安升高的同時，穆心生一計，讓大天使號前往碎石帶，想從被遺棄的船艦中取得物資。血腥情人節中毀滅的尤尼烏斯七號殖民地也在那地方。拉烏返回殖民地出席最高評議會的審查會以說明海利歐波里斯崩潰的來龍去脈。.他與國防委員長派屈克.薩拉串通，故意將內容導向打倒自然人的方向。托爾等人持續展開從尤尼烏斯七號殘骸中搬走物資的作業。少年們在這漂浮的大陸親眼目擊了戰爭的現實面。煌遇到負責哨戒的偵察型基恩，那既基恩前往的方向正好就是大家搬運的現場。雖然祈求不要過來，基恩還是發現了托爾等人。在這千鈞一髮之刻，攻擊鋼彈打下了基恩。此時，煌頭一次體會到自己奪走的生命的份量。然後，又在現場撿回了搭乘逃生艇的拉克絲.克萊因。命運的邂逅與哈囉一起降臨。
第8話「敵軍的歌姬」Top
碎石帶中救回來的逃生艇，裡面的乘員是一位少女與小機器人，拉克絲.克萊因與哈囉。現任殖民地最高評議會會長席蓋爾.克萊因的女兒。天真爛漫的她，給緊繃的大天使號內部帶來了奇妙的安祥和的感覺。唯一例外是，對調整者天生厭惡的芙蕾.阿斯達。同一時候，在符澤琉斯改造期間返家的阿斯蘭又接到召集令。要求他去尋找未婚妻拉克絲.克萊因。大天使號艦橋為了如何處理拉克絲的事而一陣騷動。這時有則通訊傳入。那是他們等待已久的救援之手。這個好消息讓艦內的氣氛又輕快起來。
但是，扎夫特的符澤琉斯也正逼近這個救援艦隊…。
第9話「消失的光明」Top
期待已久的救援終於來了。大天使號艦內氣氛一度暫時緩和。過來會合的是第八艦隊的先遣隊，蒙哥馬利、巴納德、以及洛。芙蕾之父，地球聯邦外務次官喬治.阿斯達也在蒙哥馬利艦上。但是，扎夫特的獠牙卻不放過這個小艦隊。大天使號見狀不妙、趕往支援，看到的是被神盾鋼彈瞬間擊沉的巴納德與洛。阿斯蘭橫亙在駕駛攻擊鋼彈出擊的大和煌面前。雙方打得不分上下。眼見扎夫特艦逼近蒙哥馬利號，父親的生命即將不保，芙蕾拖出被軟禁的殖民地評議會議長之女拉克絲.克萊因到艦橋，威脅扎夫特軍，以拉克絲的生命來替換蒙哥馬利號的安全。然而芙蕾並沒有如願，蒙哥馬利號在她眼前被符澤琉斯的砲火擊沉。芙蕾失控尖叫。心意已決的娜達爾以拉克絲為人質，讓符澤琉斯號停止了攻擊。
第10話「分歧的道路」Top
大天使號以拉克絲.克萊因為人質，讓扎夫特軍艦符澤琉斯停止了攻擊。然而，目睹救援艦隊全滅卻帶來了眾人心理上巨大的打擊。目睹父親被殺的芙蕾陷入半瘋狂狀態，滿腔怒氣都倒往煌的身上。「你是因為自己也是調整者，所以才沒有認真的作戰對吧!?」此時對飽受折磨的煌好言相慰的是遭到軟禁的扎夫特歌姬拉克絲。拉克絲不只認識煌的好友阿斯蘭，而且還是阿斯蘭的未婚妻。煌回顧往日的好友，及現在刀劍相向的現狀。拉克絲很平靜地說：「如果可以不用讓那兩人為敵就好了。」在思索良久之後，煌決定親自護送拉克絲回到阿斯蘭身邊，在友人幫助下，擅自出動了攻擊鋼彈。這是攻擊鋼彈與神盾鋼彈，煌與阿斯蘭第四度碰面。將拉克絲交到阿斯蘭手中，煌不顧好友的勸說，轉身離去。彼此的命運就此錯開。這是兩人真正的訣別。
第11話「覺醒的利刃」Top
煌遵守與友人的約定返艦。擅自護送拉克絲給扎夫特軍的問題以在瑪琉的裁決下沒有被懲罰。目睹先遣艦隊全滅確實給托爾等人帶來打擊，但是即將遠離戰爭的安心感還是大過一切─唯有芙蕾例外。奪走父親生命的神盾鋼彈的駕駛員，正好是煌的好友。偶然得知的這個消息讓她的心更是雪上加霜。之後，在友人面前現身的她，說的第一句話竟然是向煌道歉。這意外的言詞讓煌大感困惑。此時，警報響起了。三架鋼彈想在艦隊會合前做最後的攻擊。在向難民少女與芙蕾做下保護大家的承諾後，煌上了戰場。扎夫特軍看清大天使號的戰鬥模式，攻勢極為猛烈。電擊鋼彈擺脫攻擊鋼彈與零式的阻擋，逼近大天使號的艦橋。在這千鈞一髮的瞬間，煌的身上不知產生了什麼變化，攻擊鋼彈一轉手就擊退了決鬥鋼彈。由於伊薩克受傷的關係，剩下兩架也跟著後退。很快的，就要與第八艦隊會合了。
第12話「芙蕾的選擇」Top
大天使號終於與地球聯邦軍的第八艦隊會合了。
慌忙中，彷彿要珍惜最後一面一樣，瑪琉對努力維護攻擊鋼彈的煌致謝，感謝他迄今為止所做的一切。旗艦墨尼拉俄斯的艦隊司令哈爾巴頓提督親自登上大天使號。瑪琉與哈爾巴頓很歡喜的重逢。哈爾巴頓提督正是「G」計畫的第一推進者。會議中，大天使號被告知接下來前往聯邦軍地球本部阿拉斯加一事。同時，煌的待遇也成了會中的爭議點。娜達爾主張應將煌留下來駕駛攻擊鋼彈。這個意見一提出就被哈爾巴頓喝止。為了便於文書作業，追溯入伍的賽伊等人從娜達爾手中拿到退伍許可證。但是，芙蕾卻在當場表明志願入伍的意志。賽伊等人大吃一驚。芙蕾聲明為了繼承戰死的父親遺志，要為終結戰爭而工作。一群好友就這麼半推半就的志願入伍。然後，分開的時刻來臨了。難民們上了逃脫用小艇。煌在此時收到了友人們轉遞的退伍許可證，並得知友人們都已正式成為軍人。警笛聲再度響起。拉烏艦隊集結戰力，發動了最後的總攻擊。這時候，煌的腦中浮起了瑪琉、哈爾巴頓、難民少女的話，丟下退伍許可證，走上攻擊鋼彈。
第13話「宇宙星降」Top
第八艦隊與扎夫特軍在地球軌道上的壯烈會戰開始了。數量上佔優勢的聯邦軍，在擁有基恩、派出四架鋼彈的克魯澤隊之前，戰艦被接二連三的擊沉。激戰期間，大天使號果斷執行緊急地球的行動。為了守護大天使號，煌抱著必死決心出動，遇到誓言報仇的伊薩克的決鬥鋼彈的阻攔。降落行動已經快要倒數計時了，扎夫特艦伽莫夫拼命地猛攻。在這危機中，哈爾巴頓提督捨身阻止伽莫夫，在宇宙中壯烈陣亡。此外，在戰鬥中，一路保護過來的難民也在煌的眼前喪命。大天使雖然成功逃出，付出的，卻是犧牲掉第八艦隊的代價。
第14話「在無盡的時光中」Top
與第八艦隊發生軌道會戰的前夜，拉烏在符澤琉斯號的個人房間內述發內心的感想。從襲擊海利歐波里斯至今，「血腥情人節」的悲劇之後，殖民地最高評議會到現在仍在穩健派作風與強硬派作風之間擺盪不定。但是，奪取鋼彈以後情勢大幅倒向強硬派，「自然人不可饒恕….」，戰火似乎即將擴展開來。整個事情的開端，始於一個男人。喬治.葛倫。在各方面都大幅凌駕常人的他，原來不是普通人類。他是接受基因操作而誕生的人，也就是第一代調整者。最後這個人也喪生在他所帶來的調整者與自然人的爭執中。在大決鬥之前，他所想的是兩種人類的將來還是….？
第15集「各自的孤獨」Top
為了搭救進入大氣層時與決鬥鋼彈交手的攻擊鋼彈，大天使號偏離了預定位置，降落到扎夫特勢力範圍的非洲。煌被救出來以後，由於受到損傷過重，人發高燒婚彌不醒。隨身照料煌的人，出乎意外的，卻是芙蕾。沒多久，調整者的煌，以驚人的速度康復了。。但是，看到芙蕾帶來的小張留言，煌又再度陷入恐慌狀態。那是在煌的目前喪命的少女送給他的。芙蕾以慈母般的溫柔安慰煌，縮短了心靈受創的兩人之間的距離。暗中觀察前往阿拉斯加、在沙漠中前進的大天使號。卡佳里.由拉.阿斯哈也是在旁觀察的游擊隊的一員。
第16集「燃燒的沙塵」Top
大天使號在非洲沙漠。連喘息的時間都沒有，就遇到扎夫特軍綽號沙漠之虎的安迪所率領的地上部隊的夜襲。煌無法壓抑求戰的情緒，在黑暗中出擊了。但是，在陌生的沙漠的戰鬥，使得攻擊鋼彈腳步不靈活，被身手活躍的敵人逼入了苦戰。這時拯救煌脫離險境的，是卡佳里.由拉.阿斯哈率領的游擊隊。
第17集「再逢卡加里」Top
得到反抗軍「光明沙漠」的幫助，攻擊鋼彈擊退發動猛烈攻擊的巴庫部隊。在等待天明，與大天使號會合的人員中，煌與海利歐波里斯遇襲時碰面的少女卡佳里.由拉互相驚訝的發現彼此。反抗軍的頭目，賽布帶領瑪琉一行人到基地參觀時，告知一行人聯邦軍在飛洲的據點維多利亞基地已經被攻陷。於是大天使號決定穿越紅海，由太平洋到阿拉斯加。但是，路上卻有沙漠之虎安迪.渥特菲德跟地上航空母艦雷塞布斯的阻撓。同一時候，渥特菲德正準備對光明沙漠展開報復攻擊。當夜，大天使號的船員們得到暫時的休息。煌調整攻擊鋼彈的設定，為即將再度發生的作戰而準備時，被捲入賽伊與芙蕾的口角。當芙蕾告知自己與煌的關係不淺時，賽伊惱怒的逼問煌。面對咄咄逼人的賽伊，煌壓抑已久的情緒一下子就爆發出來。這時候，反抗軍的家人居住的阿哲高原遭到了攻擊。
第18集「報復」Top
札夫特軍的雷賽布斯攻擊反抗軍居住的地方，阿哲高原。這時候，態度驟變的芙蕾導致賽伊與煌之間的關係產生決定性的裂痕。另一方面，穆與反抗軍的人員趕往阿哲高原時，驚訝發現敵軍早已撤退，而且受害程度也沒預料的大。但是，還是有幾名反抗軍的人憤不可抑的對札夫特軍發動追擊。煌的攻擊鋼彈也出動掩護，但是…
第19集「宿敵的獠牙」Top
由於物資的補給欠缺，煌與卡佳里潛入札夫特軍基地所在的市政局的市場。兩人偶然與沙漠之虎安迪.渥特菲德結識。兩人被安迪耍得團團轉。沒多久，一伙人又遭到藍色宇宙派的攻擊。另一方面，瑪琉為了煌與卡佳里沒有返回大天使號而深感不安。這時候，賽伊想開動格納庫內的攻擊鋼彈，卻無法控制，氣憤的哽咽哭泣。芙蕾見狀，眼角也隱隱泛著淚光。
第20集「平穩的日子」Top
阿斯蘭前往拉克絲的家中拜訪。兩人在這棟位於殖民地的高級住宅街的克萊因邸之中，和樂融融的快樂聊天。阿斯蘭聽說煌至今依然珍視以前他贈予的小鳥，心中一片愁悵。在此同時，他們的父親所參加的殖民地最高評議會，正在激烈爭論是否應該讓戰爭持續下去。而在地球，停留在反抗軍基地的大天使號，以正為了突破沙漠之虎的防線而逐步進行計劃。
第21話「砂塵的盡頭」Top
留在直布羅陀基地的伊薩克與迪安卡在雷賽布斯會合了。大天使號與反抗軍向雷賽布斯發動決戰。沒多久，巨大的爆炸火燄讓反抗軍動搖了。原來他們事先布置好的地雷陣，已經被破解了。「沙漠之虎」這次是真的露出獠牙了。當戰鬥越演越烈的時候，卡佳里為了打破僵局，駕駛空中霸者出動。煌的攻擊鋼彈被渥特菲德的拉寇逼得走頭無路，親身體驗到戰鬥的殘酷。此時，機體的能源也快要用完……。
第22話「染紅的大海」Top
激戰之後打倒了渥特菲德，攻擊鋼彈與大天使號為了避開扎夫特軍的攻擊，向阿拉斯加前進。進入紅海，精神一直很緊繃的船員們才鬆懈下來沒多久，扎夫特軍的摩拉西姆隊就率領著空中戰鬥用的MS迪因和水中用MS古恩，劃破了寂靜，從海、空兩面對薩天使號發動攻擊!!第一次的水中戰鬥使得攻擊鋼彈陷入了苦戰。另一方面，留在宇宙的克魯澤隊的阿斯蘭與尼可終於也向地球出發了。
第23話「命運的邂逅」Top
大天使號勉強擊退了扎夫特軍，但是還是被糾纏不清的摩拉西姆隊潛水母艦給逼進了苦戰。其中，卡佳里自己也駕駛了空中霸者進入戰場。另一方面，阿斯蘭與尼可降落到直布羅陀，以率領四架鋼彈的薩拉隊的隊長身份，負責指揮追擊大天使號的任務。阿斯蘭為了接收卡貝塔利亞基地的MS母艦，搭乘運輸機的途中，與中彈的卡佳里機發生戰鬥。阿斯蘭搭乘的運輸機與卡佳里的空中霸者在戰鬥之後，雙雙中彈墜落在無人島上。
第24話「只有兩人的戰鬥」Top
卡佳里的空中霸者與運輸神盾鋼彈的運輸機發生戰鬥，中彈迫降在無人島，然後，卡佳里在無人島與乘坐被擊落的運輸機的阿斯蘭在沙灘上相遇。雖然卡佳里被阿斯蘭抓了起來，但是在電波狀態不佳，彼此無法連絡友軍的情況下，倆人只好一起等待救援。兩人很生硬的道出了彼此的經歷。另一方面，由於卡佳里沒返回大天使號，煌急著駕駛攻擊鋼彈出來搜救。
第25話「前往和平之國」Top
大天使號與阿斯蘭的薩拉隊在歐普近海展開戰鬥。薩拉隊的激烈攻擊漸漸把大天使號逼得無法招架。眼看著一步步接近歐普領海，扎夫特軍與大天使號同時受到中立國歐普軍的警告。卡佳里的勸說毫無作用，受到決鬥鋼彈、暴風鋼彈、電擊鋼彈、神盾鋼彈的圍攻，大天使號引擎中彈，無法操控，還是進了中立國歐普的領海。
第26話「時機」Top
自從中立國歐普在太空的殖民地海利歐波里斯遭到攻擊開始，少年煌大和駕駛的攻擊鋼彈就與大天使號一路展開逃命之旅。在扎夫特軍的層層追殺中，煌與過去的好友阿斯蘭.薩拉，屢次在戰場上相逢。兩人迫於無奈，內心不知歷經多少煎熬。回憶像電影一樣一幕幕的翻過，來到了現在，迎向未知的將來。
第27話 「無止盡的輪舞」Top
戰鬥受創的大天使號在歐普的甲板上接受修理。歐普的技術主任愛莉卡一邊追溯大天使號和攻擊鋼彈與扎夫特軍的戰鬥軌跡，一邊分析資料。中途，煌被帶入摩根雷堤社的工廠。摩根雷堤的技師愛莉卡要求煌來支援公司開發進度落後的歐普軍MS「異端鋼彈」的OS。卡佳里知道此事，卡佳里指責歐普以防衛為名目，擁有強大軍事力量，卻在殖民地和地球軍之間扮演善人的作法。另一方面，阿斯蘭也在著手準備追擊大天使號的工作。
第28話「煌」Top
在瑪琉的奔走下，米蕾莉亞等人獲准在歐普軍總部與父母面會。在大伙兒與親人相會的喜悅氣氛中，失去父親的芙蕾跑去不肯與家人面會的煌的房間。芙蕾理解煌的溫柔體貼為同情，而非常憤怒，對煌發洩怒氣。煌錯愕的呆立原地。就在這時候，潛入歐普的阿斯蘭等人，正在刺探摩根雷堤的情況。飛到空中的小鳥找到了阿斯蘭，追在小鳥後面的煌與阿斯蘭隔著一層籬芭重逢了。但是兩人還是只有選擇錯身而過一途。
第29話「命運之楔」Top
大天使號結束了修理跟補給以後，從歐普出航了。卡佳里想與大天使號同行，但是被父親烏茲米說服，了解了戰爭的源頭。潛服在地下刺探動向的扎夫特軍，看透了歐普軍艦隊的魚目混珠之計，大天使號離開歐普領海以後，馬上遭到四架鋼彈的攻擊。在煌、穆之後，煌的好友托爾也上戰場了。在敵我難分的混亂激戰中，煌的攻擊鋼彈與阿斯蘭的神盾鋼彈激烈衝突，最後，這場戰鬥招來了一場悲劇。
第30話「閃光的時刻」Top
打敗薩拉隊的鋼彈之後，等待著煌的，是梅鐸與整輩兵的讚賞之聲。煌緊緊握住拳頭，忍受著眾人的歡呼。另一方面，與煌的戰鬥中，失去了重要戰友，使得克魯澤隊員們的心理大為動搖。阿斯蘭心中暗暗後悔自己太過天真，沒有狠下心來戰鬥。在忍不住自我苛責下，阿斯蘭決定下次一定要親手殺死煌。再次找上門來的薩拉隊的鋼彈與大天使號的戰鬥，以及煌與阿斯蘭的戰鬥，變得比先前更加白熱化…然後…
第31話「慟哭的天空」Top
神盾鋼彈起動自爆裝置，使得攻擊鋼彈也被捲入爆炸。攻擊鋼彈與空中霸者二號機的通訊同時中斷，在大天使號艦內引起一陣騷動。滿身瘡痍的大天使號遭到扎夫特軍緊密追擊，瑪琉向歐普發出求救援訊號，以苦肉計解決了這場危機。這時候，歐普的救援隊來到了神盾與攻擊鋼彈發生激戰的島嶼附近。在那裡，只發現到攻擊鋼彈與神盾鋼彈的碎片。歐普救援隊在附近搜索，發現了穿著紅色駕駛服，被海水打上沙灘的扎夫特兵。
第32話「約束之地」Top
犧牲許多人命之後，大天使號終於抵達阿拉斯加的地球聯合軍總部。在基地，所有人都被命令在船上待命，不准下船。九死一生，好不容易才抵達總部，受到這樣的待遇，令船員們內心裡產生陣陣的不安。這時候，扎夫特軍在卡貝塔利亞基地接到克魯澤隊的調動命令。於此同時，煌在殖民地的拉克因府醒過來。煌原本自己已經死在與阿斯蘭的死鬥中，沒想到卻被神秘男子救了一命，而大為吃驚。拉克絲對吃驚不已的煌投以溫柔的微笑，使得煌放下心來訴說心事。
第33話「黑暗的胎動」Top
以俘虜、扎夫特士兵迪安卡為中心，失去托爾的米蕾莉亞等人，在半狂亂的狀況中，向迪安卡興師問罪。大天使號的船員聽到一伙人的騷動聲，急忙趕到，才將事情平息下來。大天使號少年兵們處在辛酸難過的氣氛之中。這時候，瑪琉、穆、娜達爾受到沙札藍德上校的審問。沙札藍德對於瑪琉讓調整者少年來操控攻擊鋼彈這件事，展開了嚴格的逼問。在那死纏爛打的審問的同時，大天使號的的三個船員收到了調職的命令。
第34話「放眼所見」Top
芙蕾對調職命令心感不服，穆也不甘願地服從命令。支撐大天使號的船員被調走，船上軍心一陣動盪。而更加雪上加霜的是，大天使號被從第八艦隊，調離到阿拉斯加總部的守備隊了。另一方面，衛星軌道上、地上基地、在海中行走的潛水艇等等，扎夫特軍幾乎已經完成了集結動作。薩拉最高評議會議長為了讓戰爭早點結束，發動了「割喉作戰」。當曉得了這個作戰的真正目標，不是巴拿馬而是地球軍總部時，在克萊因邸療養的煌，為了保護在阿拉斯加的大天使號船員，為了找出戰鬥的意義，決定返回地球。臨行前，拉克絲將某樣東西送給了煌。
第35話「舞降之劍」Top
大天使號在阿拉斯加與MS部隊展開激戰。面對排山倒海而來的扎夫特軍MS部隊，主力軍已派去守護巴拿馬的的聯合軍，自然陷入了苦戰。這時候，穆知道了軍方上層是基於戰略因素故意棄守阿拉斯加基地，勉強找到戰鬥機來開回大天使號。戰局中扎夫特軍佔了上風，戰爭眼看似乎就要結束時，聯合軍引發了同歸於盡的陷阱。差不多在這時間，大天使號被扎夫特軍包圍起來，已喪失逃脫的機會。在金恩的圍堵下，正覺得萬事休矣的時候，眼前突然出現從未見過的鋼彈，展開雙翼站立在前。
第36話「以正義之名」Top
割喉作戰計劃失敗的消息，讓扎夫特國防委員會陷入混亂。就在同時，薩拉知道了扎夫特軍機秘開發的自由鋼彈被偷走，而且拉克絲還是共犯之一的時候，便喚來阿斯蘭通知這個消息。得知拉克絲犯了叛國罪遭到通緝，兩人的婚約已經失效，阿斯蘭一陣錯愕。薩拉議長掩不住憤怒，命令殺掉拉克絲.克萊因與奪走自由鋼彈的所有相關人物。另一方面，在阿拉斯加發動了獨眼巨人之後，解除危機的大天使號船員們與煌快樂的重逢。然而，煌的內心，從在殖民地與拉克絲相會後，就不斷想找出在這場戰爭中戰鬥的意義。同時，在哈囉引導下，阿斯蘭與拉克絲重逢，得知了煌還活著的消息。驚愕的他，遭到拉克絲的逼問「你是抱持什麼信念而戰的?」
第37話「神之雷」Top
滿身瘡痍的大天使號勉強從自爆的阿拉斯加基地逃出來。為了修理受傷的船身，開到了歐普的淤能碁呂島。見到煌還活著，卡佳里忍不住淚水盈眶地撲向煌的身上。另一方面，失去了阿拉斯加的聯合軍為了準備戰爭的最後一仗，以國際情勢惡化為由，不容許歐普維持中立國的立場，強制要求歐普協助地球聯合。地球聯合軍為了拿下最後的質量投射裝置，在黎明的時候，巴拿馬的大地上成了扎夫特軍數量龐大的MS部隊的阿拉斯加復仇戰的舞台。面對這些敵人，地球聯合軍投入了自認為可以扭轉形勢的反擊部隊。這時候，在歐普的摩根雷堤工廠修理的攻擊鋼彈即將甦醒。準備迎接新的駕駛員的到來…
第38話「決心的砲火」Top
扎夫特軍對巴拿馬的攻勢越來越激烈。為了得到地球上最後的質量投射裝置，地球聯合內部擬立了一個策略。佔地球聯合的主導地位的大西洋聯邦，與一位男子共同對歐普設下了下一個策略。霍姆拉朗讀了地球聯合對歐普的最後通牒。面對歐普再三拒絕聯合軍的要求，該內容是勒令歐普解除現在的政權、並解除武裝。如果不順從，將被視為支援扎夫特的國家，遭到武力討伐。把世界一分為二，非友即敵的二分法，讓人無從選擇的選擇題，使歐普的首長們頭疼不已，烏茲米則忿恨不平。差不多同一時間，瑪琉促請全體船員決定自己是要參加戰鬥還是直接下船。在緊迫的時間中，市民撤離了市中心與軍事相關設施周邊區域。全國進入備戰狀態。然後，時間來臨的同時，戰爭的火苗也燃起了。
第39話「阿斯蘭」Top
地球聯合軍最先進的三架鋼彈與煌駕駛的自由鋼彈對決了。這時煌的前面出現了阿斯蘭駕駛的正義鋼彈，這敵我難分的MS的登場，使戰場氣氛頓時更加緊張。然而，他暫時放下了扎夫特士兵的身份，以個人意志決定掩護煌。然後自由鋼彈與正義鋼彈以絕佳的合作默契漸漸將三架鋼彈逼得無法招架。同一時候，在淤能碁呂島近海，地球聯合軍展開了大攻勢，以多得嚇人的量產型MS「攻擊鋼彈」來進攻歐普。煌、阿斯蘭的奮戰雖然擊退了聯合軍，可是歐普軍已經受到了幾近毀滅性的打擊。彼此都以為對方被自己殺死的煌與阿斯蘭再度重逢，兩人過去的感情又回來了。但是，煌還是詢問了阿斯蘭的真正心意…
第40話「飛向黎明的宇宙」Top
歐普數度嘗試與地球聯合交涉，但是地球聯合的要求只有一個：要歐普解除武裝。在再度展開總攻擊的情況中，煌與阿斯蘭互相表白自己的心意，化解了誤會，同時阿斯蘭也開始詢問自己，戰爭的意義為何。而，以禁斷、瘟神、侵略鋼彈為首的地球軍MS部隊，開進了歐普的大地，幾乎覆蓋了整個淤能碁呂海岸線。在這情況下，烏茲米.那拉.阿斯哈放棄淤能碁呂島，要求國民與大天使號脫離該地，自己則留在國內，決意戰鬥到底。為了將煌等人發射上宇宙，質量投射裝置展開了發射準備。好像早就瞄準好這機會一樣，在煌等人的面前，有三架鋼彈阻擋了他們的去路。同時，決定留在國內抗戰到底的烏茲米，告訴了卡加里衝擊性的事實真相…。
第41話「撼動的世界」Top
草薙號與大天使號飛上了宇宙。草薙號接舷完畢，船員們為了補給與整備，航向因戰亂而化成廢墟的L4殖民地。此時，拉克絲在殖民地以全體市民為對象做地下廣播，秘密進行反抗活動。其影響力連薩拉議長也大感棘手，派出搜捕的憲兵也全都無功折返。另一方面在地球，地球軍雖然奪取歐普的質量投射裝置不成，卻也搶回了維多利亞基地，成功拿下進出宇宙的途徑。地球軍在打敗扎夫特MS部隊後，想乘勢收回宇宙，以新型MS部隊為主力，用質量投射裝置將物資發射上空，想要展開大規模侵略行動。阿茲萊爾總合手上三架鋼彈的戰鬥記錄，察覺到自由與正義鋼彈使用的動力之秘密，企圖得到這兩架鋼彈。此外，阿斯蘭下定決心，為了解父親的真意，離開了大天使號，獨自飛返殖民地…。
第42話「拉克絲出擊」Top
為了了解自己的父親，扎夫特最高評議會議長派屈克.薩拉發動戰爭的真正想法，阿斯蘭來到了殖民地。煌自願駕駛自由鋼彈護衛阿斯蘭的太空梭。阿斯蘭向煌道出了自己的覺悟。煌體會到其中的深意，在分開時說道:「不論是你、或是我，現在都還不能死」。 阿斯蘭當面詢問父親對這場戰爭的真正想法。但是，他所面對的並不是以往的父親。對於薩拉帶著瘋狂眼神道出的戰爭的目的，阿斯蘭吃驚到顫抖。薩拉槍口指向自己的兒子阿斯蘭，質問正義鋼彈與自由鋼彈的下落，派人押走被烙上叛徒標記的阿斯蘭。 達哥斯塔率領拉克絲派的成員，救走了解送途中的阿斯蘭。拉克絲終於展開行動了。她奪走最新戰艦永恆號，逃離殖民地。在她的艦橋上，赫然可見過去人稱「沙漠之虎」的渥特菲德的身影。 大天使號、草薙號、與永恆號在L4會合。放下過去的敵我之分，一支獨立部隊在此成立。然後，拉克絲投入煌的懷裡，宣洩自己的喪父之痛…。
第43話「大敵當前」Top
在地球軍的月面基地，大天使級二號艦主天使號，一直忙於戰鬥訓練。坐在艦長席的，是娜達爾.巴吉路少校。搭載侵略鋼彈、禁斷鋼彈、瘟神鋼彈的主天使號，以及觀察員阿茲萊亞，為了討伐大天使號，即將開往L4殖民地群。娜達爾對於自己必須槍口指向過去的戰友一事，受到不小的衝擊。在此同時，抵達廢棄的殖民地，孟德爾後，大天使號、草薙號、永恆號三艦正商討今後的計劃。卡佳里見阿斯蘭沒有出現，擔心的去找阿斯蘭。苦惱已久的阿斯蘭開口道出心聲：「我什麼都辦不到，什麼都不了解．．．」。卡佳理拼命的安慰阿斯蘭。此時阿斯蘭突然抱住卡佳理。阿斯蘭與卡佳理之間，迷惑與安祥的時間流逝。但是，停在孟德爾港內的大天使號還是被娜達爾發現，主天使號先發制人發動攻擊，與過去的同袍的戰爭就此開始。
第44話「螺旋的邂逅」Top
主天使號為了討伐大天使號而開啟了戰端。三架鋼彈在煌與阿斯蘭默契十足的聯手攻擊下，落居下風。得知草薙號可能參戰，娜達爾判斷戰況不利，決定暫時撤離戰線。大天使號勉強脫困。 另一方面，穆與迪安卡察覺扎夫特軍混入殖民地內，一同前往迎擊。駕駛新型ＭＳ出現的拉烏，與穆的命運決鬥開始了。在戰鬥中，伊薩克發現對峙的暴風鋼彈，深感困惑。伊薩克不知駕駛者正是迪安卡，不停憤怒地攻擊。拼命躲避攻擊的暴風鋼彈，一直不肯對決鬥鋼彈出手，最後終於呼叫伊薩克。伊薩克的決鬥鋼彈果然因而停止動作。兩人下了ＭＳ，氣氛極度緊繃。此時，拉烏與穆的激烈死鬥因為駕駛自由鋼彈趕來支援的煌而中斷，逃入一棟建築物裡面。煌與穆也跟著追入，在那裡見到衝擊性的事實真相．．．！
第45話「開啟的門扉」Top
煌與穆追蹤克魯澤，進入某棟建築物裡頭。殖民地孟德爾基因研究所…拉烏、穆、煌三人在這個地方展開了槍擊戰。然後，拉烏打破了緊張的沉默，道出衝擊性的事實真相。同一時刻，伊薩克與在地球失蹤的迪安卡對峙許久，尖銳質問迪安卡的真正想法。另一方面，在殖民地外側，強力說服了娜達爾的阿茲萊爾，指示主天使號與大天使號再度展開戰鬥。槍擊戰中，拉烏道出過去這個研究所進行的，以人工子宮生產調整者的實驗。煌的親生父母是該計劃的研究者，自己便是研究中唯一的成功例子。同時拉烏還告白自己與穆的關係。原來他是利用穆的父親的基因，製造出來的失敗的複製人。事實真相讓兩人大為震憾。拉烏大喊:「我有制裁全人類的權利!」後，匆匆逃離。 返回旗艦苻澤琉斯號的拉烏，委託俘虜芙蕾一張磁碟片，宣稱那是可以結束戰爭的最後一道門。
第46話「靈魂的地方」Top
大天使號與主天使號再度開戰。在二者的夾縫中，拉烏為了攻擊永恆號，命令符澤琉斯號出擊。拉烏對兩方艦隊，片面發出交還遭扎夫特軍拘束的俘虜的通告。被投射到戰鬥空域的小艇，裡面載著的是對情況一無所知的芙蕾。兩方艦隊對拉烏的行為大感困惑。芙蕾感受到危險，拼命操作小艇，向大天使號求救。芙蕾「我握有鑰匙!」這句話勾起阿茲萊爾的興趣，突然插手，將小艇帶回主天使號。另一方面，被包圍的永恆號與草薙號擊中火力攻擊符澤琉斯號，企圖突破重圍。符澤琉斯號被擊沉了。地球軍與扎夫特軍見狀，雙方同時撤退。而在安全歸返的永恆號上，煌為了自己沒有救回芙蕾一事，失聲痛哭。就在此一同時，阿茲萊爾從芙蕾手中拿到磁碟片，曉得內容是「可使用核武的反中子干擾器」資料，而大為狂喜…。
第47話「惡夢再現」Top
由於芙蕾帶來的一張碟片，地球聯合軍取得了反中子干擾器的技術。在阿茲萊爾的運作下，核飛彈飛上了宇宙。扎夫特預測到聯邦將發動大規模攻擊，在雅金.杜威與伯亞茲集結戰力。
然後，決戰的火苗點燃了。調解隊…搭載核彈的梅比烏斯(零式)部隊闖進了扎夫特的軍事衛星伯亞茲。剎那間，閃光迸裂開來。再度使用的核彈的火炎，瞬間就把要塞摧毀掉。目睹伯亞茲的毀滅，芙蕾對自己的作為帶來的結果生起無限悔恨。原來拉烏「讓戰爭結束掉」那句話，竟然是大屠殺。煌與阿斯蘭為了阻止核彈部隊「調解隊」再度攻擊而出動。他們以裝備的「流星」將射向殖民地的飛彈全數擊落。同時，派屈克.薩拉誓言要向自然人報仇，下令使用強大的雷射光束武器創世紀。於是雅金.杜威背後發出巨大閃光，射向地球軍的艦隊！
第48話「憤怒之日」Top
伽瑪射線的閃光在一瞬間殲滅了聯合軍的前線艦隊。扎夫特的秘密武器，甚至可以很輕易的瞄準地球。阿茲萊爾歇斯底里的責難地球軍。勉強從毀滅狀態中重新振作起來的聯合軍，下了悲壯的決定，向殖民地的秘密武器創世紀挑戰。但是卻打不過阻擋在前方的雅金.杜威要塞，而且殖民地的創世紀強大武器本身還裝備了PS裝甲。煌等人為了阻止雙方的殺戮戰，投入這最後的戰場。煌、拉克絲、卡佳里、與阿斯蘭，還有瑪琉與穆。在曉得這可能是此生最後告別的情況下，紛紛訴出了自己的心意給對方。而還有另一個人，決定制裁全人類的拉烏，也駕駛天帝鋼彈出擊了。最終決戰拉開序幕，殺到殖民地的地球軍，以及立誓要阻止核武攻擊的獨立軍。可惜太遲了。最終武器創世紀向地球軍的月面基地發出了第二次攻擊！
第49話「終結之光」Top
創世紀的第二次發射摧毀了地球聯合軍的月面基地。下個目標是地球嗎?聯合軍重組潰散的艦隊，讓調解隊再度出擊，企圖以核彈直接攻擊殖民地。煌等人在創世紀與核彈之間奮戰。激烈戰鬥中，M1異端鋼彈隊戰死。穆與拉烏也在戰鬥中受傷。但是伊薩克與迪安卡的聯手合作，總算打敗了瘟神鋼彈與禁斷鋼彈。同一時候，與大天使號戰鬥的主天使號內部，阿茲萊爾與娜達爾兩人意見不合，抓狂的阿茲萊爾對命令全員離艦的娜達爾開火，而且還發射羅安格林破壞砲。大天使號來不及閃避。在危急的剎那間，穆挺身保護大天使號，壯烈爆炸。眼見穆的死去，瑪琉發狂的也下令發射羅安格林破壞砲。同時娜達爾亦制伏阿茲萊爾，大喊“快動手!瑪琉.雷明斯!”。犧牲了所愛的男人的二位女性，同心協力的埋葬掉戰爭的元凶之一，藍色宇宙的盟主…。
第50話「朝向無止盡的明天」Top
即使付出了多人的犧牲，戰爭還是沒有結束。芙蕾離開主天使號，受到那份對煌的割捨不下的感情牽引，捲入了自由鋼彈與天帝鋼彈的死鬥中。然後，在煌的面前，被拉烏的無情之刃所殺死。在無法守護自己想守護的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的靈魂終於在結束的時刻與煌融合了嗎…。另一方面，薩拉下令創世紀瞄準攻擊地球。扎夫特軍中出現了試圖停止其瘋狂行動的人士。正好在此時，阿斯蘭與卡佳里一起闖進雅金.杜威，想阻止父親的兇行。但是他們到場後，卻目擊到薩拉被士官槍殺的場面。薩拉嚥下最後一口之前，依然不停詛咒著自然人。然而他的死，並無法停止失控的事態。雅金的自爆，連帶啟動了創世紀。阿斯蘭單身闖入讓核引擎失控，摧毀整個創世紀。行動後阿斯蘭本想同歸於盡，卻被卡佳里制止，一同逃出。同一時刻，煌與拉烏在死鬥之後，兩人同歸於盡。而在扎夫特方面，舊克萊因派發出停戰的呼籲，和平之路似乎已經開啟。阿斯蘭看著戰場淒涼的遺跡，內心深深感到絕望。這時候，小鳥飛向宇宙了。它飛向化成殘骸的自由鋼彈的機體。在那裡，有煌的身影…希望並沒有消失啊。