A.C.195年終
史上最大規模的戰爭終結
地球圈從此統一並放棄了武力
但並未因此平靜下來
在A.C.196年的聖誕夜
真正的流星作戰即將被巴頓財團所發動
為了阻止這場浩劫
回歸歷史陰影下的五位少年即將進行最後戰鬥
五架將被毀滅的鋼彈
面臨了最慘烈也是最後的一場戰役
取回被丟棄在廢棄支援衛星的鋼彈少年們
重新加入為維護地球和平的戰爭中
為了不員在成為戰爭的工具
與巴頓財團展開了一場險惡的苦鬥
莉莉娜透過傳播媒體喚醒了民眾群起的力量
最後鋼彈雖然難逃被毀滅一途
但人們卻得到了珍貴的生活....
第一曲 ∼ 革命 寂靜的軌道 Top
L3 殖民地空域一架小型的搜索船正在它周圍飄浮的隕石群中穿梭，駕駛員是莎莉•鮑。現在她身為地球圈統一國家情報部「預防者 (PREVENTER)」的一員，也是俗稱的救火隊。這團體的目的即在防範世界各地可能發生的紛爭，以維持和平及廢除一切戰鬥武器為任務。
莎莉接到情報指出這個空域有應該不存在地球圈的漂流物體所以才趕來這裡的，果然在不遠處發現了閃閃發光的碎片。分析的結果，竟是 NEO．鈦尼姆合金。
所謂 NEO．鈦尼姆合金是在 A.C.195 年底，由羅姆斐拉財團所開發，目的是為了對抗號稱有超強硬度及輕質量的鋼彈尼姆合金。但同體積的 NEO．鈦尼姆合金重量只有鋼彈尼姆合金的一半硬度卻有兩倍以上，但成本也為鋼彈尼姆合金的數十倍，由於生產成本實在太高，連羅姆斐拉財團都無法加以量產。
由於號稱天下無敵的鋼彈的存在，使反叛份子有了擁有鋼彈就可掌握世界的想法。因此卡特爾才決定將五架鋼彈隨著廢棄的資源衛星一起投到太陽去焚燬。本來二頭龍鋼彈也該在裡面，但五飛堅持不交出自己的分身「哪吒」。
A.C. 196 年 X'MAS EVE，資源衛星 MO-II 內
就在這時，蕾蒂和諾茵接到了莎莉關於「第13號星座」的報告
昔日 OZ 的主要武器 MS，都是以星座加以命名的，所以每次莎莉發現不明的零件時，都以「第13號星座」加以稱呼，就是為了強調這個不明物體可能帶來的危險性。
發現到 MS 裝甲的零件部分，就表示新型的 MS 可能已經完成了！
L3 殖民地群，心臟地帶的 X18999 殖民地，莉莉娜正在這個殖民地進行訪問。
莉莉娜現在正擔任地球和太空殖民地之間的溝通角色---外交次長。
X18999最近又要求地球圈統一國家增加戰爭損害的重建補助，並打算聘請莉莉娜外交次長為殖民地的談判代表。
莉莉娜現在正在殖民地代表團所屬的建築物頂樓的會議室內，和殖民地代表討論預算問題，她喝了一口紅茶，沒想到紅茶竟然被人下藥，莉莉娜就這樣倒在椅子上。
A.C..196年末
特洛瓦和凱瑟琳所在的馬戲團，正好來 L3 太空殖民地群巡迴表演。馬戲團正在進行表演中，然而場中卻出現了暗藏槍械的人。特洛瓦覺得奇怪，便離開馬戲團去調查。他一一擊倒了來偷襲的人，便發現這件事和巴頓財團有關係。
巴頓財團正是 L3 殖民地勢力最龐大的企業財團之一。
A.C..195年初
當時的「特洛瓦」其實沒有名字，只是 L3 殖民地 MS 秘密研發計畫的一名整備員。不過向來沉默的他卻不曾開口和人說話，就連跟他共事的作業員也很少和他說話。可是，卻有一名聲音聽起來很親切的男人．重武裝鋼彈的駕駛員，卻主動上前和他打招呼；說完，他就從衣服裡拿出一張照片，上面是一個看起來20多歲的女性和一個小女孩，「她的名字叫瑪莉梅亞，是我姊姊的女兒……」
照片中那位女性就是瑪莉梅亞的母親．蕾亞。
駕駛員靠近無名小子，小聲地對他說：「一旦我們拿下地球，就是由她來統領一切……」
特洛瓦記得那個人當時是這樣跟他說的。
希洛告訴迪歐莉莉娜被綁架的消息。迪歐聽了消息略為震驚，於是他們就結伴奪取高速太空梭前往X18999殖民地。幾分鐘後，兩人乘著高速太空梭向 X18999 殖民地飛去。
殖民地標準時，12月24日16點
特洛瓦已經順利地混入瑪莉梅亞軍。
當特洛瓦走到地下室的MS收藏庫時，眼前的景象令他吃了一驚。有五架他未曾看過的 MS。新完成的「白蛇」足足有 500 架，是歷史上罕見的大部隊。
但特洛瓦的身分卻被揭穿。正當他準備攻擊德基姆•巴頓時，他卻看到了另一個讓他更驚訝的人。
那是五飛。
莉莉娜醒過來，看見床邊有位小女孩，而這位年僅7歲的小女孩就是瑪麗梅亞。但最令人震驚的是：她是特列斯的女兒，名字是瑪麗梅亞•克休里那達。
L3 殖民地空域
希洛在太空梭上睡著了......
A.C.194 L1 殖民地群
那時候他還沒有「希洛•唯」這名字。那天少年被賦予的任務是去爆破聯合軍的官兵訓練中心。少年毫無顧忌地在大白天潛進訓練場裝置定時炸彈，想等到晚上再行爆破。
等他從基地內出來時，卻意外發現有個小女孩正好奇的盯著他瞧。臨別時，小女孩還送他一朵小花。
夜晚終於到來，少年按下手中定時炸彈的按鈕。沒想到，爆炸卻波及了一旁的民宅，尤其是，那棟民宅正好是早上小女孩消失的方向。火停後，他進入廢墟，只看到那隻跟在小女孩邊的小狗的屍體，於是，他把小狗安葬在那天碰到小女孩的山丘上。
迪歐打開控制面板的螢幕。十二月二十五日—耶誕節到了。
螢幕上出現一張穿著軍服的小女孩的面孔。她態度凜然地發表聲明，L3 - X18999 太空殖民地將從本日 A.C.196 年十二月二十五日零時起脫離地球圈統一國家，宣布獨立並對其宣戰。
同一個時間，同樣位於布魯塞爾的「預防者」情報部的部長辦公室裡。蕾蒂．安正焦頭爛額地用電話和總統解釋著。
辦公室的門突然打開了！蕾蒂安感到有一道冷風灌了進來。
「誰？」蕾蒂安敏銳地感到房間的暗處站了一個男人。
「打攪了……。麻煩妳也替我取個代號吧……！」
「這樣好了，不如就叫我"WIND"吧。專門滅火的「風」，如何？」
其實，他早就有兩個名字了 「傑克斯．馬吉斯」和「米利亞爾特．匹斯克拉福特」！
迪歐和希洛所駕駛的太空梭正加速向前推進，彷彿沒把橫阻在前的陶拉斯部隊放在眼裡。他們向X18999殖民地筆直衝去。但是，原本散開的陶拉斯部隊卻立刻展開猛烈攻擊。陶拉斯部隊已經漸漸迫近，縮小包圍網。迪歐他們陷入無路可逃的窘境。
迪歐和希洛總算有驚無險地抵達 X18999。
L4 殖民地群周邊的某資源衛星，一艘行星運輸船正準備啟航。
卡特爾決定去追回鋼彈
一小時後，卡特爾站在即將準備出航的運輸船的艦橋室裡。載著鋼彈的衛星殘骸距離金星軌道還有五十天，現在出發的話應該可以趕得上。
X18999 的內部一片混亂。希洛和迪歐駕著搶來的里歐到處進行破壞。迎擊的 MS 根本還來不及還手，就被擊毀了。
兩人分開後不久，迪歐突然發現旁邊的超大型升降梯正在上升中。裡面站著一架銀白色的「白蛇」。
這時，迪歐發現它的駕駛員是特洛瓦。只是「白蛇」的攻勢依然沒有停歇的跡象。特洛瓦面無表情，不發一語。
同一個時間，希洛駕著里歐一路衝鋒，向基地內部突進。他勢如破竹般地劈開不斷湧現的里歐，將對手打得潰不成軍。突然，一道熟悉的黑影掃過他的螢幕，令希洛震驚了一下。站在眼前的敵人正是「二頭龍鋼彈」。
正當希洛苦於無計可施之際，「二頭龍」的駕駛突然出現在他的監視幕上。那個人的眼神看起來非常嚴肅。
希洛質問「二頭龍」的駕駛：「你為什麼要這麼做？五飛……！？」
「你們是正確的嗎？」五飛並沒有回答希洛的質問，冷冷地問了這問題。
「我再問你！你以為你們代表的是正義嗎！？」
第二曲 ∼ 戰爭 逝去的流星 Top
因為卡特爾沒料到瑪麗梅亞會挑在這個時候發表獨立宣言，原先走的路線時間會太久，所以卡特爾決定用另外一條時間較短但危險的路線，且不顧馬格亞那克隊的反對，要自己一個人上資源衛星。
AC195年
XXXG-01SR 沙漠鋼彈正在 L4 殖民地群的溫拿家族所擁有的資源衛星上待機，等待出擊。
這架MS從設計到建造完成，都是由卡特爾 H 教授攜手合作所開發出來。他們在在溫拿家廢棄的資源衛星上合作建造沙漠鋼彈。不過他沒有透露自己背後的贊助者其實是巴頓財團，也從未提及關於「流星作戰」的事情。他只告訴卡特爾，建造鋼彈的目的是為了替殖民地指導者希洛．唯報仇。
穿著太空衣的卡特爾回到 H 教授所在的管制室。他已發現了自爆迴路。擁有力量的人必須具有如此的覺悟！若將力量賦與一個沒有覺悟的人，他必定會以自己為優先。在自我失控之前如能立即決定自爆，或許還不致釀成大禍。若等到失控，恐怕再也難以挽回。為了認清自己的立場，維持冷靜的判斷力，自爆裝置是不得已、而且必須的準備。
X18999 殖民地內
迪歐駕駛的里歐全身彈痕，已形同廢鐵。白蛇的左右肩膀突然打開，從裡面伸出了飛彈發射器。
A.C 195 年 4 月 7 日
迪歐正準備引爆死神鋼彈，這是由於他不想讓死神鋼彈成為殺人的機器。
但他卻被G教授發現，因而失敗。
G教授臨走前丟下一句：「迪歐，把死神鋼彈偷走吧！」
之後，迪歐駕著死神鋼彈降落在地球。
XXXG─01H 重武裝鋼彈正在巴頓財團的總部 L3 殖民地群研發建造。
駕駛員是德基姆小老婆生的兒子特洛瓦．巴頓。不過卻平庸無能，根本不是戰鬥飛行員的料。
這天，無名小子和往常一樣為重武裝進行整備工作，現場並沒有其他工作人員。突然他感覺到有人走近。
特洛瓦十分反對S博士擅改任務成只攻擊OZ的基地，且決定去告訴他父親。
這個舉動令一旁的助理感到忍無可忍。助理從背後開了一槍，子彈射穿了特洛瓦的心臟。
這幕光景自始自終，無名小子都看的一清二楚。
無名小子從角落走了出來，他向S博士表明他想借用特洛瓦的名字駕駛重武裝鋼彈，而S博士也答應了。
就這樣，這個新出爐的特洛瓦．巴頓駕著重武裝鋼彈朝地球出發了。
白蛇的飛彈筆直地向迪歐的裡面飛去。 突然，在撞擊前的剎那，飛彈咻地急轉彎，在里歐面前劃了道弧線後朝隔牆飛去。
爆震的威力直搗二頭龍所在的位置。短短幾秒過後爆炸的煙塵就散去了。不過，原本站在他面前的希洛卻失去了蹤影。幾近全毀的里歐還立在原處，駕駛艙也只剩下一個空殼子。
眼前的景象，幾乎令迪歐不敢置信。特洛瓦駕駛的白蛇早已消失的無影無蹤，現場一片狼籍，周圍的隔牆被炸了好幾個大洞，而他的里歐居然毫髮無傷地留在原地。巡視一下四周。果然，白蛇已經失去了蹤影。從牆上的洞口望去的景象，多少可以看出特洛瓦的用心。洞口另一端有一條通往住宅區的道路。
瑪麗梅亞的這支數十架機動戰士的編隊，從 X18999 起飛後已經脫離了 L3 空域，而且繼續朝月球軌道前進。莎莉她們的大型太空梭一路尾隨在後，並保持一定的距離，以免暴露形跡。但後來他們卻發現那只是無人駕駛的MD而已，而真正的部隊早已聚集在別處。她們再度朝 X18999 殖民地前進。
希洛等人發現瑪麗梅亞和莉莉娜乘坐，要去宇宙空港好到地球的直昇機，於是便推測出瑪莉梅亞想將殖民地丟到地球上的意圖。但這時候，地球圈內大多數的人還被蒙在鼓裡。
卡特爾終於成功的進入資源衛星。
太空梭和二頭龍以緩慢的速度，一步步地朝地球逼近……
傑克斯想阻止將在MO-III集結的五百架白蛇部隊，但卻失敗了，傑克斯只能眼睜睜的看著白蛇往地球前進。
A.C.195 年四月七日
二十年前殖民地最高指導者希洛．唯遭暗殺的同一天，一場名為流星作戰的行動展開了。
反地球圈聯合的殖民地勢力，企圖將偽裝成流星的新銳兵器送到地球。不過，聯合總部的 OZ 事前已獲知情報，並稱它為 M 作戰。
所謂「流星作戰」，其實就是將五架鋼彈尼姆合金製的鋼彈送入地球的計畫。
原始的計畫中流星指的並不是鋼彈，而是太空殖民地。換句話說，就是要讓殖民地墜落地球。屆時趁地球陷入混亂之際，再派鋼彈前往鎮壓。根據策畫者的推測，一旦數座太空殖民地墜落到地球上，將造成數十億人口的傷亡，而爆炸所引起的煙塵也會讓地球各地迅速寒冷化。人類將無法繼續在這片土地生存。到時，只需五架鋼彈便可輕易地控制地球。這麼一來，劫後餘生的地球人勢必得放棄家園遷移到太空，接受殖民地政府的統治。這就是原來流星作戰的真實內容。
卡特爾成功的引爆資源衛星的核子反應爐，使資源衛星往地球的方向移動。
X18999 殖民地的重力已經漸漸地起了變化。希洛和迪歐都注意到這一點。兩人都急了起來。因為事態已經相當嚴重。他們迅速趕往位在殖民地中心的重力控制室。
那些人打算把 X18999 墜落地球。
太空殖民地是靠快速的旋轉以製造重力。如今，它的轉速比平常變快了許多。一旦平衡起了變化，X18999便會脫離月球的軌道。向地球墜落而去。希洛和迪歐現在要做的就是阻止這件事情的發生。他們進入控制室後，得到特洛瓦的協助，順利的將殖民地恢復穩定。
但得到消息而想再次去攔截瑪麗梅亞大軍的預防者，卻失敗了。
這時卡特爾傳來訊息，資源衛星再過30個小時便可回到地球，但希洛覺得那樣太慢，於是通知卡特爾把飛翼0式往HES-88方位射出，他自己則上太空去接收鋼彈。
第三曲 ∼ 和平 永遠的回歸 Top
殖民地標準時間二十三時
自從瑪麗梅亞宣戰以來，地球各地立刻進入緊急戒嚴狀態。不過到目前為止，都還沒傳出任何開火的消息，沈痛的一天眼看著即將結束了。
搭載四百七十架白蛇的瑪麗梅亞軍運輸船隊已經抵達地球。並且選擇讓一代英豪拿破崙光芒褪盡的滑鐵盧平原上的一處山丘降落。他們此行的目標是--歐洲．布魯塞爾的總統府。
面對突如其來的大軍壓境，地球圈統一國家的政府完全束手無策。
儘管大街佈滿了警力，總統府四周也加強戒備，可是畢竟不敵陣容龐大的機械部隊。就這樣瑪麗梅亞大軍如入無人之境般的入侵布魯塞爾，攻陷了總統府。
一場無聲革命就這麼成功了，地球圈統一國家的機能也即刻中止。
A.C. 196 年十二月二十六日
寂靜的宇宙空間。
一艘長程太空梭以平常約兩倍的速度高速穿越該區它所搭載的燃料完全都用來增加行駛的速度。從來沒有一名太空人會以這麼快的速度在太空中飛行。那個人就是希洛．唯。他正要趕往和飛翼0式的交會點。
飛翼 0 式鼓動巨大的翅膀飛離膠襄艙，以驚人的速度迴旋升起。接著將引擎開到最大，朝遙遠的地球飛去。
A.C.196年 12月27日
布魯塞爾總統府原本是羅姆斐拉的財產，所以有庇護所的設計。而德基姆便看準了這個設計，把總統府變成了瑪麗梅亞的城堡。
浩瀚無邊的宇宙空間。五飛駕著二頭龍鋼彈，從上空俯視灰暗的布魯塞爾市。五飛閉著雙眼靜靜的等待著，等待敵人的出現……，他等的不是別人，而是在 X18999 失去交手機會的希洛。不過，敵人大概還要數小時後才會出現。五飛就這麼繼續等下去……
A.C. 195 年 L5 殖民地群
五飛是和龍族的長老和O老師大吵一架而駕駛鋼彈到地球上的。因為他不能認同長老和O老師贊成流星作戰的觀點，再加上，他也不想讓他的哪吒變成殺人機器。
五飛緩緩睜開雙眼。感到有東西正在靠近。那是飛翼0式！
於是，希洛和五飛戰鬥了起來。
迪歐逃到殖民地的機場後，便和特洛瓦會合，而莎莉也在此時營救出被瑪麗梅亞軍當成人質的殖民地居民，於是他們便一起離開殖民地。
希洛和五飛扭打著，進入了大氣層。五飛的理念便是幫那些戰鬥後便被遺棄的戰士們代言，他並不相信人類會就這樣維持和平。
兩部機體就這樣穿過大氣層，被燒的火紅。
希洛不想再殺死像那個小女孩一樣的人，自己放棄戰鬥，沉入了北海。
由於總統府戒備森嚴，傑克斯和諾茵無法突破防備。
這時，廢棄資源衛星已經抵達地球，死神鋼彈、重武裝鋼彈、沙漠鋼彈正準備出發至地球。
蕾蒂•安偷偷潛入了布魯塞爾總統府。
就在傑克斯和諾茵已經快要支持不住時，那三架鋼彈出現了。
而街上的人們觀看著電視牆的廣播，心裡深深的被感動。就在這時，在總統府裡的莉莉娜看的忍無可忍，她便利用轉播系統，向世界喊出了一句話：「各位！你們所看到的戰鬥畫面並不可怕！和平不會憑空掉下來，是要靠大家去爭取的！ 我們不能逃避這個責任啊！」
在電視牆播出這句話後，變成了一片雜訊。桃樂絲在此時出現，曉以群眾大義，使得大家都坐上桃樂絲的車，往總統府聲援莉莉娜。
而在總統府內，莉莉娜宣告這次戰爭需要的不是完全和平的口號，而是渴望和平的心。
五百架的白蛇。這時鋼彈也漸漸力不從心。
北海下的希洛也聽到了莉莉娜的話，於是飛翼0式重新啟動，往總統府飛去。五飛也看到了希洛破水而出的過程，但他並無意追擊，他現在真的對他的正義感到迷惑。
就在鋼彈駕駛員們已經將自爆視為最後手段時，希洛出現在總統府上空，發射了僅存的三發來福炮，布魯塞爾總統府就這樣被攻陷了。飛翼0式也發生大爆炸，墜落到地上，而希洛從駕駛艙中爬出來。
就在瑪麗梅亞即將被柱子壓到時，蕾蒂安救了她。
五飛也來到了總統府附近，在它旁邊，還有一群要求和平的人民。
而此時在總統府中的莉莉娜正在勸瑪麗梅亞放棄這件事，德基姆竟想殺了莉莉娜，但瑪麗梅亞幫莉莉娜擋了這一槍。
看到這一切的原特列斯派的衛兵便在他還來不及開第二槍時，殺了德基姆。
正當大家手忙腳亂時，希洛出現在瑪麗梅亞面前，他打算殺了瑪麗梅亞，但槍裡卻沒裝子彈。扣下板機的希洛放心的睡去，瑪麗梅亞也還活著，衛兵們便趕緊將她送到醫務室。
經過這次事件，鋼彈駕駛員們感到不再需要鋼彈了，於是便爆破鋼彈，讓鋼彈從世界上消失。
諾茵和傑克斯參加火星開發計劃。
蕾蒂領養了瑪麗梅亞。
迪歐回去廢鐵廠工作。
特洛瓦又回到馬戲團。
卡特爾正式繼承了溫拿家的事業。
五飛則進入了預防者。
莉莉娜決定參選總統。
希洛出現在會場二樓，雙手插在胸前，注視著莉莉娜的表現。
他……還有迪歐、特洛瓦、卡特爾、五飛，再也不會感到迷惑了。
因為，他們已經找到自己的方向。
∼∼ THE END ∼∼